Die operative Führung der Rudolf Steiner Schule Kreuzlingen (RSSK) wird durch die Schulleitung wahrgenommen. Die strategische Führung geschieht durch den vom Schulverein gewählten Vorstand. Die Elternschaft der RSSK bildet den «Rudolf Steiner Schulverein Thurgau», dem aber auch Lehrerinnen und Lehrer, ehemalige Eltern sowie Freundinnen und Freunde der Schule angehören. Dieser Verein trägt die Verantwortung für die Finanzen sowie für die Infrastruktur des Schulbetriebs und -gebäudes.
„Der Pflanze gleich hat sich diese Stätte der Erziehung aus einem winzigen Samenkorn Stufe um Stufe emporgebildet, um mit der Eröffnung ihre erste Frucht abzugeben an die Kinder, die hier in dieser Schule ein Stück Lebensweg mit ihren Erziehern zusammengehen werden.“ Mit diesen Worten lud der Rudolf Steiner Schulverein Thurgau zur Schuleröffnungsfeier am 19. April 1980 in sein neues Schulgebäude in der Bahnhofstrasse in Kreuzlingen ein.
Bereits 1975 hatten sich mehrere Familien gleicher Gesinnung zusammengefunden, deren Vision es war, in der Ostschweiz eine Rudolf Steiner Schule zu gründen – darunter Bauern und Mitarbeitende des Ekkarthofes. Gemeinsam bildeten sie den «Initiativkreis Rudolf Steiner-Schule Region Thurgau».
Heute befindet sich die daraus entstandene Rudolf Steiner Schule Kreuzlingen immer noch in dem Gebäude einer alten Strickwarenfabrik an der Bahnhofstrasse 15 in Kreuzlingen und bietet mit Eltern-Kind-Gruppe, Kindergarten, Schulklassen 1 bis 10 und Hort ein umfassendes Bildungs- und Tagesangebot. Die Rudolf-Steiner-Pädagogik sorgt dafür, dass Lernanforderungen kindgemäss gestaltet werden: Eigenaktivität, bewusste Schulung der Sinne und Vertiefung der Erlebnisfähigkeit stehen im Zentrum. So wird das Kind in gesunder Weise an die schulischen Grundfertigkeiten und das Erkennen gedanklicher Zusammenhänge herangeführt.